Casou-se em 1877, aos 24 anos de idade, com sua prima Antonia Leopoldina de Araújo, em Itanhaém, no dia 14 de maio. Desse casamento que durou 50 anos, nasceram três filhos: Santina, Sizenando e Pedrina.

Na adolescência, necessitando trabalhar, ele deixou a casa paterna, indo para a casa de seu irmão mais velho João Pedro de Jesus, que residia em Brotas, interior do Estado de São Paulo.

Seu primeiro trabalho foi um reclame de uma casa comercial, onde ele pintou a efígie da deusa Fortuna, que logo se transformou em sucesso. É nessa ocasião que Calixto faz um trabalho de destaque: a pintura do teto e do pano de boca do Teatro Guarani, em Santos.

Entusiasmado com o trabalho de Calixto, o arquiteto Garcia Redondo escreve ao Visconde de Vergueiro, que estava em Paris, falando sobre o pintor. Acatando a iniciativa, Calixto foi convidado para estudar às expensas do arquiteto, desenho e pintura na Europa. Matricula-se assim, na Academia Julien, tendo como professores Gustave Boulanger, Jules Lefévre, Roberto Fleury e Bougnerau. Freqüentou ainda o atelier de Jean François Rafalli e estudou paisagens.Em Paris ele encontra Victor Meirelles, que também freqüentava a Academia Julien e que aconselhou Calixto a deixar o atelier do professor Rafalli, cujo gênero de pintura impressionista não se harmonizava com seus pendores artísticos. Na própria Academia, Calixto teve oportunidade de expor vários quadros de natureza morta, como por exemplo "Longe do Lar"(que encontra-se na Galeria Vergueiro) e outras, que receberam calorosos aplausos dos mestres. Além de exímio pintor, Calixto foi também notável historiador.

A ligação com Itanhaém, o fascínio pela delicada cidade caiçara do Litoral permaneceria toda a existência de Calixto, que em 1895 lançaria sua conhecida e indispensável "A Villa de Itanhaém", edição do Diário de Santos, desenvolvimento de notas escritas em pesquisas sobre o velho Convento para o Gabinete de Leitura local, já desaparecido.

Ele era um rebuscador, que não dava guarida aos sofismas. Foi fiel e honesto em suas investigações ao publicar uma série de contos, memórias históricas ("Costumes de Minha Terra", "A Villa de Itanhaém", "Capitanias Paulistas"). Embora contrário aos salões e às exibições de caráter oficial, o artista obteve medalhas de ouro na "Exposição Internacional de Saint Louis" nos Estados Unidos e num dos salões de Belas Artes do Rio de Janeiro. Com o decorrer do tempo, a palavra dos críticos, contrária ou favorável, toda a vertente de olhares e pensamentos a ela dirigidos, a obra de um artista verdadeiro acaba por situar-se em uma posição definida no plano geral da arte, não obstante permaneça a possibilidade de discussões principalmente em razão do repertório cultural de cada um. Este movimento de idéias em torno do artista e sua obra é precisamente o timbre que marca e define o grau de grandeza e perenidade da criação artística. Foi também agraciado por Sua Santidade o Papa Pio XI, com a Cruz da Ordem de São Silvestre, insígnia que lhe foi entregue em Itanhaém pelo Prior da Ordem do Carmo, a 8 de dezembro de 1924, em meio a grade festividade, a festa de Nossa Senhora da Conceição, padroeira da cidade.

A 10 de dezembro de 1923 começava seu último grande trabalho, a pintura dos quadros para a Matriz de São João Batista de Bocaina. Dominado pela idéia da morte próxima, dizia que nessa igreja seria o lugar onde se perpetuaria a sua derradeira arte. No plano geral da pintura brasileira a obra de Benedito Calixto está perfeitamente inserida em seu espaço próprio, sabia bem disso: "Pouco ou nada mais adianta, agora que já estou velho, a opinião e conselho dos críticos sobre meus trabalhos. Desejaria apenas que os jornais dessem notícias dos quadros vendidos, etc., mais nada, pois não preciso reclame". Tinha então 66 anos e ainda viveria mais oito, sempre pintando. Só esta fidelidade já justificaria o prestígio e o respeito que sua pessoa e sua obra grangearam. Em seu modo discreto de ser e se manifestar, dava o pintor um recado direto e incisivo para aqueles que, na sua função analítica da obra oferecida e contemplada, esquecem o quanto significa de luta, de heróico sacrifício, viver alguém da arte, para a arte, pela arte, construir toda uma vida em plena comunhão do sonho cotidiano. Este gesto discreto de revolta, de certa maneira, marca bem a posição de Calixto que construiu toda a história de sua pintura em cima de um labor diário, estudando, compondo, articulando cores e volumes, observando, caminhando por praias e matas intocadas para extrair da natureza a grande verdade oferecida em verdes e azuis, águas, árvores, montanhas, nuvens, distâncias, o vento suave que sopra nas suas serenas paisagens caiçaras.

Como cartógrafo, Calixto fez dois ensaios de Mapas de Santos; como astrônomo fez vários gráficos que se encontram nos observatórios astronômicos de São Paulo, fez também o Brasão da cidade de Santos e o Brasão da Casa de Vimieiros com referência à Capitania de Itanhaém,ainda desenhou os diplomas da Escola José Bonifácio.

Além do já citado livro "A Villa de Itanhaém", outros vieram a seguir: "Notas e Informações Sobre os Sambaquis de Santos e Itanhaém", "A Vila de Santo André da Borda do Campo", "Notas de Arqueologia Paulista", "O Padre Bartolomeu de Gusmão - A Sua Época, o Padre e a Inquisição", "Minha Terra Natal", além de numerosos artigos. Muitas dessas obras continham preciosos mapas elaborados pelo próprio autor, como "Capitanias Paulistas". Dedicou-se também ao estudo da Astronomia e foi professor, fotógrafo, dramaturgo, sendo professor do Liceu Feminino Santista e da Associação Instrutiva José Bonifácio, ainda existentes.

Quando já bastante enfermo, ao executar o quadro "A caminho de Emaús", sentindo a morte se aproximar, disse ao decorador Colozzi, que não acabaria o quadro, que morreria breve. Terminou, todavia. Seu estado de saúde se agravava cada vez mais. Por essa razão, seguiu para São Paulo em busca de melhores condições para tratamento de saúde, hospedando-se na residência de seu filho, Sizenando Calixto de Jesus, engenheiro arquiteto, que residia à Rua Ministro Godoy, 79-A. Foi entregue desde logo aos cuidados dos médicos Rubião Meira e J. Ramos. Faleceu no dia 31 de maio de 1927, terça feira, às 15 horas, justamente a hora que recebia a última prestação de suas pinturas da igreja de São João da Bocaina. Entre seus amigos mais íntimos, encontram-se o pintor Victor Meirelles, o historiador Capistrano de Abreu, Martim Francisco, Franco da Rocha e Domingos Jaguaribe.