A bacia do Rio Jacaré-Pepira (jacaré esfolado na língua Tupi-guarani) localiza-se no centro do Estado de São Paulo, pertence à bacia do Rio Paraná e ocupa uma área de 2,612 km2. O rio nasce no município de São Pedro, na Serra de Itaqueri.. O rio sofre uma única interrupção no seu curso, o que ocorre após percurso de 16 km. Ao atingir a marca de 800m (localidade do distrito do Patrimônio de São Sebastião da Serra), o rio encontra-se artificialmente represado por uma barragem de 10 metros.

De São Pedro, o Jacaré-Pepira passa por Brotas (local de esportes radicais em suas águas), segue por Jaú, Dourado, Boa Esperança do Sul, Bocaina, Bariri e desemboca no rio Tietê próximo da barragem de Ibitinga. É considerado um dos poucos rios ainda não poluídos no Estado de São Paulo, com grande flora de matas nativas às suas margens e, ainda, muitas espécies de peixes. O rio Jacaré fica a aproximadamente 9 kms do centro de Bocaina.

A barragem de Ibitinga, no Rio Tietê, indiretamente represa também no trecho final do Rio Jacaré-Pepira. Algumas espécies de peixes coletados no Rio Jacaré-Pepira: curimbatã, lambari, piava, tambiú, traira, mandí, entre outros.